Os Mods são modificações do eMule que atribuem novas funções e mudanças. Além disso, em muitos casos, servem para consertar incompatibilidades… O fato do eMule ser um programa de código aberto, favoreceu a criação de programas derivados da modificação do código do eMule original. Essas versões modificadas, sem perder a compatibilidade com o eMule original, adicionam funcionalidades ausentes e dão a ele um novo aspecto ou o adaptam a usos concretos ou a necessidades de certos usuários. O desenvolvimento de algumas dessas variantes caminha lado a lado do desenvolvimento do eMule original. Algumas melhorias e funções desenvolvidas originalmente nestes mods foram incorporadas posteriormente à versão original do programa.
Alguns desses mods de eMule mais recomendados são: