I Mod sono modifiche di eMule che apportano nuove funzioni e cambiamenti, e servono, in molti casi, per correggere alcune incompatibilità… Il fatto che eMule sia un programma a codice sorgente aperto ha favorito la creazione di programmi derivati dalla modifica del suo codice originale. Queste versioni modificate, senza perdere la compatibilità con l’eMule originale, aggiungono funzioni che quest’ultimo non possiede, ne cambiano l’interfaccia o lo adattano all’uso e alle necessità di un certo tipo di utenti in concreto. Lo sviluppo di alcune di queste varianti va in parallelo a quello dell’eMule originale, di modo che i responsabili di cada Mod lo mantengono aggiornato basandosi sulle ultime versioni rilasciate di eMule. Altri Mod, invece, sono stati sviluppati in modo completamente autonomo dalla versione originale di eMule. Posteriormente, alcune delle funzioni e dei miglioramenti apportati in questi Mod sono state incorporate dalla versione originale del programma.
Ecco i Mod di eMule più consigliati: